Los microbiomas del suelo agrícola juegan un papel crucial en la modificación y mantenimiento de las propiedades del suelo, como la fertilidad del suelo, la disponibilidad de nutrientes y la descomposición de la materia orgánica. Este estudio evaluó la influencia de las prácticas agrícolas orgánicas y convencionales en los microbiomas del suelo asociados con el frijol común (L.) a escala de campo en el norte de España. Se utilizaron técnicas de metabarcoding para comparar ambas comunidades microbianas. Los análisis de diversidad alfa y beta revelaron que los suelos orgánicos soportaban comunidades fúngicas más ricas con una mayor uniformidad de especies, mientras que los suelos convencionales eran abundantes en procariotas. La asignación taxonómica de las Unidades Taxonómicas Operacionales (OTUs) observadas identificó un total de 1141 taxones procariotas y 622 taxones fúngicos. Entre estos, 200 OTUs procariotas y 113 OTUs fúngicos mostraron diferencias significativas en respuesta a las diferentes prácticas agrícolas. Esta clasificación permitió establecer una comunidad microbiana central asociada con el cultivo de frijol común, compuesta por 594 OTUs procariotas clasificados en 11 filos y 256 OTUs fúngicos clasificados en 11 filos. Los análisis funcionales indicaron que la agricultura orgánica promovía una gama más amplia de funciones procariotas relacionadas con el metabolismo del nitrógeno, interacciones positivas más fuertes entre hongos y bacterias, una mayor abundancia de microorganismos beneficiosos, como hongos de biocontrol y micorrizas, y una mayor estabilidad microbiana general. En contraste, el suelo convencional mostró una mayor prevalencia de hongos fitopatógenos potenciales y interacciones microbianas más complejas y competitivas. Estos resultados destacan el efecto del sistema agrícola en la diversidad y composición microbiana de los suelos asociados con cultivos de frijol en el norte de España. Si bien se necesita más investigación en diferentes regiones climáticas y sistemas de cultivo, estos hallazgos subrayan el potencial de la agricultura orgánica para mejorar la diversidad del suelo y potenciar las interacciones de la red microbiana.