Un proceso de innovación digital (ID) con la participación de múltiples partes interesadas es complejo. Si bien un enfoque reduccionista puede ser ocasionalmente favorable, abrazar la complejidad es más beneficioso. En términos de investigadores, es tarea central de los científicos sociales estudiar fenómenos complejos en la sociedad. Para los profesionales, la complejidad provoca innovación debido a actores heterogéneos e interacciones dinámicas (es decir, no linealidad). Así, este artículo tiene como objetivo desvelar los mecanismos de complejidad en las estructuras de los procesos de ID y cómo las interacciones a través de estos mecanismos fomentan la ID. Se realizaron dos estudios de caso de procesos de ID, donde se recopilaron datos a través de entrevistas con participantes del proyecto y mediante la observación de reuniones del proyecto. Los mecanismos de complejidad en las estructuras de los procesos de ID incluyen sistemas abiertos, sistemas anidados, control distribuido y dependencia de partes interesadas clave (es decir, nodos). Esta investigación ofrece una contribución teórica a la comprensión de la complejidad del proceso de ID al identificar cómo estos mecanismos pueden fomentar y obstaculizar la innovación. La compleja interacción de estos mecanismos también podría traer cambios en cómo funciona el proceso de ID y su definición de límites. La investigación sobre la complejidad de la ID se ha centrado en los ecosistemas de ID. Este artículo cambia el enfoque hacia la complejidad de los procesos de ID que producen IDs y causan la existencia y evolución de sus ecosistemas, e incluso provocan la extinción del ecosistema.