El objetivo de este estudio fue investigar el efecto de la suplementación dietética con harina de semilla de comino negro (BCSM) y harina de coco (CM) sobre el rendimiento y la microbiota cecal de pollos de engorde híbridos Cobb 500. El estudio se llevó a cabo con 600 pollitos en el primer día de incubación; los pollitos fueron distribuidos aleatoriamente en 12 corrales de igual tamaño. Se replicaron cuatro tratamientos dietéticos (C, T1, T2 y T3) tres veces (50 pollitos/replicado): C fue el grupo de control; T1 fue suplementado con 10% de BCSM; T2 fue suplementado con 10% de CM; T3 fue suplementado con 5% de BCSM y 5% de CM. A la edad de sacrificio en el día 35, nuestros hallazgos mostraron que el tratamiento T2 aumentó significativamente el peso corporal y la relación de conversión alimenticia (FCR) en comparación con C, T1 y T3. Además, los porcentajes de rendimiento de la canal caliente en los tratamientos T1, T2 y T3 fueron significativamente más altos que los del grupo C. Los resultados de la expresión génica comparativa normalizada relativa de , y no cambiaron significativamente en todos los tratamientos ( > 0.05). El tratamiento T1 resultó en una disminución significativa en la expresión génica de toda la microbiota, mientras que el tratamiento T2 resultó en un aumento significativo en la expresión génica de todos los microbios, lo que llevó a una comunidad microbiana enriquecida y diversa. Se puede concluir que la suplementación con 10% de BCSM es beneficiosa para inhibir microbios patógenos durante los primeros días posteriores a la incubación. En contraste, CM puede promover y mejorar la diversidad de las comunidades microbianas durante el crecimiento de los pollos de engorde. La inclusión de ingredientes alimentarios no convencionales en las dietas avícolas puede mejorar el rendimiento de crecimiento y puede reducir el costo de la alimentación de los pollos de engorde.