Explorando el efecto de los factores climáticos en SNPs dentro de los genes del dominio FHA en ecotipos eurasiáticos
Autores: Aldwairi, Tamer; Chevalier, David J.; Perkins, Andy D.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Explorando el efecto de los factores climáticos en SNPs dentro de los genes del dominio FHA en ecotipos eurasiáticos
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas Generales
Palabras clave
Rápidos desarrollos
Tecnologías de secuenciación de alto rendimiento
Polimorfismos de nucleótido único
Factores climáticos
Variaciones genómicas
Distribución geográfica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 22
Citaciones: Sin citaciones
Los rápidos avances en las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento han permitido a los investigadores analizar la secuencia genómica completa de los organismos de manera más rápida y económica que nunca. Una aplicación importante de tales avances es identificar el impacto de los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en los fenotipos y genotipos de la misma especie al descubrir los factores que afectan la ocurrencia de SNPs. El enfoque de este estudio es determinar si los factores climáticos como el clima principal, la precipitación y la temperatura que afectan a una cierta área geográfica podrían estar asociados con variaciones específicas en ciertos ecotipos de la planta. Para probar nuestra hipótesis, analizamos 18 genes que codifican proteínas que contienen el dominio asociado a Forkhead. Fueron extraídos de 80 secuencias genómicas recopiladas de 8 regiones eurasiáticas. Utilizamos el agrupamiento k-means para separar las plantas en grupos distintos y evaluamos los grupos utilizando un sistema de puntuación innovador basado en el sistema de clasificación climática de Köppen-Geiger. Los métodos que utilizamos permiten la selección de grupos candidatos que probablemente contengan muestras con polimorfismos similares. Estos grupos muestran que hay una correlación entre las variaciones genómicas y la distribución geográfica de esos ecotipos.
Descripción
Los rápidos avances en las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento han permitido a los investigadores analizar la secuencia genómica completa de los organismos de manera más rápida y económica que nunca. Una aplicación importante de tales avances es identificar el impacto de los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en los fenotipos y genotipos de la misma especie al descubrir los factores que afectan la ocurrencia de SNPs. El enfoque de este estudio es determinar si los factores climáticos como el clima principal, la precipitación y la temperatura que afectan a una cierta área geográfica podrían estar asociados con variaciones específicas en ciertos ecotipos de la planta. Para probar nuestra hipótesis, analizamos 18 genes que codifican proteínas que contienen el dominio asociado a Forkhead. Fueron extraídos de 80 secuencias genómicas recopiladas de 8 regiones eurasiáticas. Utilizamos el agrupamiento k-means para separar las plantas en grupos distintos y evaluamos los grupos utilizando un sistema de puntuación innovador basado en el sistema de clasificación climática de Köppen-Geiger. Los métodos que utilizamos permiten la selección de grupos candidatos que probablemente contengan muestras con polimorfismos similares. Estos grupos muestran que hay una correlación entre las variaciones genómicas y la distribución geográfica de esos ecotipos.