La producción de papas fritas es una parte creciente del mercado de papas. Mientras que los tubérculos de papa se almacenan a bajas temperaturas para minimizar problemas de almacenamiento, tienden a acumular azúcares reductores, que impactan negativamente en la calidad y color de los productos fritos. El objetivo de este estudio fue analizar el impacto del tipo de citoplasma en el color de las papas fritas después de la cosecha y después del almacenamiento en frío a 4 grados Celsius, así como en el contenido de prolina en los tubérculos de papa estresados por el frío en una población de papa diploide obtenida de un cruce recíproco de padres con citoplasma de tipo T y D. Utilizando 224 clones de descendencia F1 genotipados con la Tecnología de Array de Diversidad (DArTseq(tm)), mapeamos los Loci de Características Cuantitativas (QTL), tratando el tipo de citoplasma como una covariable. Detectamos cinco QTL para el color de las papas fritas después de la cosecha y seis después del almacenamiento en frío, con el QTL más fuerte para ambos rasgos superpuesto en el cromosoma III. Se detectaron cinco QTL para el contenido de prolina en los cromosomas V, X y XII, siendo el más significativo ubicado en el cromosoma X. Aunque los clones de descendencia con citoplasma de tipo T produjeron papas fritas significativamente más claras después del almacenamiento en frío, el tipo de citoplasma utilizado como covariable solo causó modificaciones menores en los paisajes de QTL obtenidos para el color de las papas fritas y el contenido de prolina.