Se espera que el cambio climático afecte al sector agrícola de maneras que a menudo son difíciles de predecir. Si a corto y medio plazo los agricultores pueden adaptarse al cambio climático ajustando sus prácticas agrícolas, a largo plazo, estos ajustes pueden volverse insuficientes, obligando a los agricultores a cambiar sus sistemas de cultivo. La magnitud y dirección en la que ocurrirán estas transiciones de sistemas de cultivo sigue siendo un tema poco explorado en la literatura. Proponemos un nuevo marco para explorar el efecto del cambio climático en la elección del sistema de cultivo, controlando el efecto de otros factores que también se sabe que influyen en la elección del sistema de cultivo. Utilizando un modelo de elección de sistema de cultivo espacialmente explícito desarrollado por un estudio previo en una extensa región agrícola del sur de Portugal, aplicamos un enfoque de espacio por tiempo para simular el efecto del cambio climático en la dinámica futura de los sistemas de cultivo en el área de estudio. Los resultados sugieren que el cambio climático obligará a muchos agricultores a cambiar el sistema de cultivo en un futuro previsible. La magnitud de los cambios proyectados en los sistemas de cultivo probablemente desencadenará impactos sociales, económicos y ambientales significativos, que deberían requerir la atención temprana de los responsables de políticas.