La escasez creciente de agua dulce representa una seria amenaza para la producción agrícola. El agua regenerada (RW) se utiliza cada vez más como uno de los recursos alternativos para el riego en la agricultura. Las comunidades microbianas desempeñan roles cruciales en el microambiente del suelo y pueden usarse como indicadores efectivos para evaluar la influencia ecológica del riego con RW en el suelo. Sin embargo, existe una falta de investigación sobre los efectos de RW con diferentes técnicas de riego en los atributos del suelo y las comunidades microbianas. El experimento presente se realizó en China para investigar el efecto de dos tipos de calidad de agua (RW y agua limpia (CW)), dos tipos de métodos de riego (riego completo (FI) e irrigación parcial de la zona de raíces alternas (APRI)), y dos tipos de técnicas de riego (riego por surcos (FUI) e irrigación por goteo subsuperficial (SDI)) en las propiedades químicas del suelo, concentraciones de metales pesados y estructura de la comunidad bacteriana. Los tratamientos de APRI recibieron el 70% del volumen de agua de riego de FI. Los resultados revelaron que la conductividad eléctrica (EC), el nitrógeno nítrico (NO-N) y las concentraciones de metales pesados (Cu, Cd, Pb, Zn) en el suelo regado con RW fueron significativamente más altos en comparación con el suelo regado con CW. SDI disminuyó significativamente los contenidos de TN en un 4,88%, la EC en un 13,78% y la concentración de metal pesado Cd en un 13,14% en los suelos en comparación con el tratamiento de FUI. APRI disminuyó significativamente la concentración de metal pesado Cu en los suelos en un 6,26% en comparación con el tratamiento de FI. Proteobacteria, Chloroflexi, Acidobacteria y Gemmatimonadetes en el suelo regado con RW fueron más abundantes que en el regado con CW. La calidad del agua de riego, el contenido de humedad del suelo, el contenido de metales pesados, TN y EC bajo varias técnicas y métodos de riego afectaron significativamente la estructura de las comunidades bacterianas del suelo. En conclusión, destacamos que el tratamiento SDI-APRI puede ser una práctica eficiente de riego para reducir la EC, la contaminación por metales pesados y los riesgos de seguridad del suelo regado con RW.