Analizar las variaciones en la calidad del agua es esencial para la asignación de agua a diferentes usos y para aplicar medidas correctivas. La llanura de Tesalia era extremadamente fértil y, hasta principios del siglo XX, la zona era un granero para Grecia. El río Pinios, de gran importancia para la producción agrícola nacional, aunque severamente degradado, ha sido evaluado por su estado químico-fisicoquímico (C-P). La investigación se basó en los resultados del programa nacional de monitoreo para los años 2018-2020, considerando 218 muestras estacionales. Un total del 39% de las muestras totales y el 70% de las 30 estaciones de monitoreo revelaron un estado C-P inferior al bueno, según los límites de la Directiva Marco del Agua (2000/60/CE). Las superaciones se atribuyen predominantemente a concentraciones elevadas de fosfato, fósforo total y nitratos. Excepcionalmente, el río Pinios parece estar afectado principalmente por fuentes puntuales de contaminación orgánica y, en segundo lugar, por los flujos de retorno agrícolas y los procesos de drenaje, mientras que los procesos de mineralización y nitrificación dominantes controlan la concentración y el tipo de compuestos de nitrógeno y fósforo. El confinamiento por coronavirus parece no haber afectado significativamente la calidad acuática, mientras que la mejora del estado C-P en la desembocadura del río, a través de la dilución por manantiales montañosos locales, está amenazada por una sequía en curso que afecta al país. Dentro de los próximos planes de gestión de cuencas fluviales, las medidas de remediación rápidas en la cuenca del Pinios deberían dirigirse a las fuentes puntuales de contaminación y controlar los agroquímicos, centrándose particularmente en estrategias de adaptación para eventos climáticos extremos.