El sector agrícola está enfrentando actualmente desafíos significativos debido a los efectos del cambio climático, lo que lleva a consecuencias negativas para la productividad de los cultivos y la seguridad alimentaria global. En este contexto, las prácticas agrícolas tradicionales han sido inadecuadas para abordar los desafíos en rápida evolución mientras se mantiene la sostenibilidad ambiental. Una posible alternativa a la gestión agrícola tradicional está representada por el uso de microorganismos beneficiosos que, una vez aplicados como bioinoculantes, pueden mejorar la resiliencia y adaptabilidad de los cultivos, mitigando así los efectos adversos de los estresores ambientales y aumentando la productividad. El tomate es uno de los cultivos más importantes a nivel mundial, desempeñando un papel central en la dieta humana. El objetivo de este estudio fue evaluar el impacto de un biostimulante a base de bacterias fijadoras de nitrógeno (sp., sp. y sp.) en combinación o no con un inoculo comercial Micomix (MYC) sobre las comunidades nativas de la rizosfera y la producción de tomate. Las poblaciones bacterianas en las diferentes muestras fueron caracterizadas utilizando un enfoque de metabarcoding ambiental. El efecto de los bioinoculos sobre la microbiota nativa de la rizosfera resultó en una variación significativa tanto en la diversidad alfa como en la beta y en una firma específica asociada con la presencia de biostimulantes.