La mastitis en vacas lecheras es una de las enfermedades comunes de las vacas lecheras, que no solo pone en peligro la salud de las vacas, sino que también afecta la calidad de la leche. La mastitis en vacas lecheras es una reacción inflamatoria causada por microorganismos patógenos y factores físicos y químicos en las glándulas mamarias de las vacas lecheras. El número de células somáticas en la leche de vacas lecheras con diferentes grados de mastitis aumentará en diversos grados. El diagnóstico rápido de la mastitis en vacas lecheras es de gran importancia para la salud de las vacas y la economía de la granja. Basado en los resultados de muchos estudios sobre la relación entre la mastitis y el recuento de células somáticas en vacas lecheras, se analizaron la microflora y los metabolitos en la leche de vacas Holstein con bajo nivel de células somáticas (SCC menos de 200,000), nivel medio de células somáticas (SCC hasta 200,000 pero menos de 500,000) y alto nivel de células somáticas (SCC hasta 500,000) mediante técnicas de microbioma y grupos metabólicos. Los resultados mostraron que había diferencias significativas en la microbiota de la leche y los metabolitos entre los tres grupos (< 0.05), y había una correlación significativa entre la microbiota y los metabolitos. Mientras tanto, en este experimento, se identificaron 75 metabolitos diferenciales en el grupo H y el grupo L, 40 metabolitos diferenciales se identificaron en el grupo M y el grupo L, y se encontraron seis microorganismos diferenciales con puntajes LDA superiores a cuatro en el grupo H y el grupo L. Estos metabolitos diferenciales y microorganismos diferenciales pueden convertirse en nuevos biomarcadores para el diagnóstico, prevención y tratamiento de la mastitis en vacas en el futuro.