Este estudio investigó la biodiversidad fúngica del suelo en sistemas de rotación de cultivos basados en trigo en suelos Chernozem dentro de la Cuenca Pannoniana, centrándose en los efectos de la labranza, la rotación de cultivos y las propiedades del suelo. Durante tres años, se analizaron muestras de suelo de diez parcelas, revelando una diversidad fúngica significativa con índices de diversidad de Shannon-Wiener que variaron de 1.90 en sistemas de monocultivo a 2.38 en una rotación de cultivos fertilizada de dos años. Los hongos dominantes, incluyendo , sp., y sp., mostraron preferencias distintas por condiciones del suelo como el pH y la materia orgánica (MO). La labranza de conservación mejoró significativamente la diversidad y riqueza fúngica, con la mayor diversidad observada en un sistema de rotación de cultivos de tres años que incorporó cultivos de cobertura, logrando un rendimiento promedio de trigo de invierno de 7.0 t ha-47% más alto que los sistemas de monocultivo no fertilizados. El aumento de los niveles de MO y nitrógeno en estos sistemas se correlacionó con una mayor abundancia y diversidad fúngica. El análisis de correspondencia canónica reveló relaciones fuertes entre las comunidades fúngicas y las propiedades del suelo, particularmente el pH y el contenido de carbonato de calcio. Estos hallazgos destacan la importancia de estrategias de rotación de cultivos y labranza adaptadas para mejorar la salud del suelo, aumentar la biodiversidad microbiana y potenciar la sostenibilidad agrícola en climas templados, proporcionando información valiosa para mitigar los impactos de la agricultura intensiva y el cambio climático.