El uso de refugios contra la lluvia es una práctica agronómica prometedora para proteger los cultivos de la lluvia, reduciendo la necesidad de fungicidas para controlar ciertos patógenos que se aprovechan de la humedad de las hojas. Sin embargo, la combinación de la ausencia de lluvia y un programa reducido de fungicidas puede afectar a las poblaciones fúngicas, posiblemente favoreciendo agentes de biocontrol y/o otros patógenos. En este estudio, se evaluaron los efectos de esta práctica en las comunidades fúngicas epifíticas y endofíticas asociadas con cortezas, hojas, flores y frutos de dos cultivares de manzana (Fuji y Golden Delicious) a lo largo de dos temporadas. Las plantas de manzana se cultivaron bajo dos condiciones en un huerto comercial: (1) cubiertas por refugios contra la lluvia con un programa reducido de fungicidas y (2) descubiertas con un programa estándar de manejo integrado de plagas (MIP). El uso de refugios contra la lluvia combinado con aplicaciones reducidas de fungicidas afecta la estructura general de la comunidad fúngica y la abundancia de taxones específicos. Las epífitas de las hojas fueron la comunidad más afectada, y las comunidades fúngicas también difirieron entre los dos cultivares de manzana. El uso de refugios contra la lluvia ayudó a reducir la entrada de fungicidas en el huerto, pero aumentó la abundancia de posibles patógenos en comparación con el MIP en condiciones de campo abierto, como el oídio y la sarna de la manzana. Comprender cómo responde el microbioma de la planta a nuevas prácticas que ayudan a reducir los fungicidas puede ayudar a desarrollar estrategias que eviten la acumulación de posibles nuevos patógenos.