Los jardines de casa juegan un papel trascendental en la soberanía alimentaria, para lo cual la gestión de hábitats tanto en la superficie como en el subsuelo son estrategias complementarias. Este estudio tiene como objetivo comparar la biodiversidad de grupos de mesofauna del suelo entre agroecosistemas con un diseño convencional y uno agroecológico. A través de la combinación de técnicas cuantitativas (inventarios de plantas) y cualitativas (entrevistas móviles y mapas conversacionales), se describieron las unidades de este estudio. Las muestras de suelo se montaron en un sistema Berlese-Tullgren, y se determinaron la abundancia, riqueza, diversidad e igualdad de los organismos del suelo. Las relaciones entre grupos funcionales se compararon taxonómicamente y biocenóticamente. Los resultados indicaron una mayor igualdad en el jardín de casa convencional, mientras que las comunidades estudiadas presentan una similitud taxonómica media, sin grandes diferencias biocenóticas. La diversidad y riqueza de los taxa, así como la abundancia en cada grupo identificado, fueron mayores en el jardín agroecológico, que tenía más plantas medicinales y aromáticas.