Las condiciones de limitación de nutrientes en suelos salinos- alcalinos, así como el estrés de salinidad y alcalinidad, se alivian con éxito mediante medidas de gestión del agua y la adición de materia orgánica. Sin embargo, los impactos de estas dos estrategias en las emisiones de CO impulsadas por microbios en suelos salinos- alcalinos aún no están claros. Por lo tanto, en este estudio se realizó un experimento de incubación de 150 días para evaluar los efectos a corto plazo de la regulación del agua y la adición de materia orgánica con diferentes características en las emisiones de CO y las características de la comunidad microbiana en suelos salinos- alcalinos en condiciones de no inundación. Este estudio se llevó a cabo en dos saturaciones de agua, es decir, 50% WFPS y 80% WFPS. Además, se realizaron cinco tratamientos de materia orgánica: CK: control; N: urea; SN: Paja + urea; SNH: Paja + urea + agente microbiano; y SNB: Paja + urea + biochar. Los resultados demostraron que, en comparación con el 50% WFPS, el 80% WFPS aumentó significativamente las emisiones acumulativas de CO en un 27.66%, pero disminuyó significativamente el contenido de sal y los índices Chao1 y Shannon fúngicos. La aplicación del biochar y el agente microbiano disminuyó las emisiones acumulativas de CO del tratamiento SN en un 27.39% y un 14.92%, respectivamente. Cuando hay suficiente suministro de carbono disponible, la disminución de la diversidad fúngica puede reducir la emisión de CO. Los hallazgos demostraron que SNH y SNB al 80% WFPS podrían disminuir las emisiones de CO bajo la ingesta de carbono de la paja, así como la pérdida de carbono orgánico lábil (COL). Además, estos tratamientos pueden aliviar el estrés microbiano causado por la salinidad, lo que tiene un impacto favorable en mejorar el almacenamiento de carbono en suelos de secano afectados por la salinidad.