Se analizaron dos colecciones de germoplasma, que comprenden 1026 accesiones de durazno ubicadas en Italia, utilizando 12 marcadores de repeticiones en secuencia simple (SSR). Las reacciones de SSR se realizaron utilizando el protocolo de PCR listo para multiplexión, y se amplificaron 147 alelos con un promedio de 12 alelos por locus. BPPCT001 fue el marcador más informativo, mostrando el mayor poder de discriminación (0.734). La heterocigosidad observada mostró un promedio de 0.45 alelos por locus, inferior al esperado (0.61). Los valores del índice de fijación (F) fueron positivos en todos los loci, con un promedio de 0.27 alelos por locus, lo que sugiere la presencia de endogamia. Los datos de huellas de ADN permitieron la discriminación del 80.95% de las accesiones analizadas. Si excluimos mutaciones deportivas conocidas, sinónimos conocidos y cultivares con el mismo pedigree, 161 accesiones están mal etiquetadas, con una tasa de error del 16.56% dentro o entre colecciones. El análisis de la estructura de la población reveló tres subpoblaciones: cultivares modernos de durazno, cultivares modernos de nectarina y un tercer grupo que comprende principalmente cultivares tradicionales de durazno. Los resultados obtenidos en este trabajo serán útiles para gestionar eficientemente el banco de genes, reduciendo redundancias no deseadas, sinónimos y homónimos, errores de etiquetado y errores ortográficos, así como para identificar padres en cruces controlados.