Las bacterias endofíticas diazotróficas (DEB) son los principales impulsores de la fijación de nitrógeno en los ecosistemas de suelos de secano y, por lo tanto, pueden influir en el crecimiento y rendimiento de las plantas cultivadas. Por lo tanto, el presente trabajo investigó la estructura y composición de la comunidad de DEB en diferentes etapas de crecimiento de plantas de mijo perla cultivadas en campo, empleando el método dependiente de cultivo. La diazotrofia de los aislados bacterianos se confirmó mediante el ensayo de reducción de acetileno y la amplificación del gen nifH. La huella genética de ADN basada en ERIC-PCR, seguida del análisis del gen 16S rRNA de los aislados recuperados en diferentes intervalos de tiempo, demostró la mayor diversidad bacteriana durante las etapas tempranas (hasta 28 DAE (Días después de la siembra)) y tardías (a partir de 63 DAE), en comparación con la etapa de crecimiento vegetativo (28-56 DAE). Entre todas las especies, Pseudomonas aeruginosa fue el endófito más dominante. Asumiendo la modulación de la respuesta inmune como una de las tácticas para la colonización exitosa de P. aeruginosa PM389, estudiamos la expresión del perfil de genes de defensa de trigo, utilizado como planta huésped, en respuesta a la inoculación de P. aeruginosa. La mayoría de los genes PR relacionados con la patogénesis se indujeron inicialmente (a las 6 h después de la infección (HAI)), seguidos de su regulación a la baja a las 12 HAI. La tendencia de la colonización bacteriana se cuantificó mediante qPCR de 16S rRNAs. Los resultados obtenidos en el presente estudio indicaron una respuesta de defensa atenuada en las plantas huésped hacia las bacterias endofíticas, lo cual es una característica importante que ayuda a los endófitos a establecerse dentro de la endosfera de las raíces.