La purinificación acidificada es un fertilizante orgánico novedoso que limita las emisiones de amoníaco gaseoso y reduce las pérdidas de nitrógeno. Nuestra investigación tuvo como objetivo determinar los efectos de la fertilización a corto plazo con purinificación acidificada en las propiedades químicas y la comunidad bacteriana del suelo utilizado para el cultivo de maíz. En los meses posteriores a la aplicación, la fertilización con purines crudos tuvo un impacto significativo en el aumento de los valores de N-NO. En contraste, el suelo fertilizado con purinificación acidificada tuvo valores más bajos de N-NO en comparación con los tratamientos de fertilización con purines crudos. El secuenciamiento bacteriano utilizando Illumina MiSeq no mostró diferencias en la diversidad genética de las comunidades bacterianas. En todas las muestras de suelo probadas, los dominantes a nivel de filo fueron Actinobacteria, Proteobacteria y Acidobacteria, mientras que los dominantes a nivel de clase fueron Actinobacteria, Alphaproteobacteria, Thermoleophilia, Gammaproteobacteria y Acidimicrobiia. Los valores de los índices de biodiversidad (índice de Shannon, índice de Simpson) en las muestras probadas fueron similares. Nuestros resultados sugieren que la fertilización a corto plazo con purinificación acidificada no afecta negativamente la biodiversidad y la estructura de las comunidades bacterianas y tiene un ligero impacto en las propiedades químicas del suelo.