Este estudio tuvo como objetivo comparar las diferencias en la estructura de la comunidad bacteriana en suelos de arrozales amarillos bajo fertilización química/orgánica a largo plazo y conversión de fertilizantes para guiar estrategias de fertilización de tierras de cultivo en áreas de loam amarillo. Los tratamientos incluyeron (1) aplicación continua de fertilizantes químicos durante 27 años (CF-CF); (2) aplicación continua de fertilizante químico durante 24 años y luego aplicación de fertilizante orgánico durante 3 años (CF-OF); (3) aplicación continua de fertilizante orgánico durante 27 años (OF-OF); y (4) aplicación continua de fertilizante orgánico durante 24 años y luego aplicación de fertilizante químico durante 3 años (OF-CF). Los resultados muestran que la fertilización a largo plazo altera los taxa bacterianos a nivel de género, mientras que los cambios en el modo de fertilización aumentan significativamente las cantidades de taxa a nivel de filo y género. Los diferentes tratamientos de fertilización afectan la abundancia relativa de bacterias; la abundancia relativa en OF-OF es significativamente mayor que en CF-CF, mientras que y muestran la tendencia opuesta. En comparación con CF-CF, CF-OF aumenta la abundancia relativa de y disminuye la de , mientras que OF-CF aumenta la abundancia relativa de en comparación con OF-OF. Notablemente, está significativamente enriquecido en CF-CF, mientras que y están significativamente enriquecidos en CF-OF, y y están significativamente enriquecidos en el tratamiento OF-OF. La composición de la comunidad bacteriana de CF-CF y CF-OF es similar, mientras que la composición de la comunidad bacteriana de OF-OF y OF-CF es similar. En los procesos de ensamblaje bacteriano, OF-CF mejora el proceso de selección heterogénea y reduce el proceso de dispersión homogénea en comparación con OF-OF. El proceso de ensamblaje bacteriano de OF-CF se vuelve gradualmente similar al de CF-CF y CF-OF. Análisis adicionales indican que la fertilización influye en la composición de la comunidad bacteriana del suelo al afectar el nitrógeno total, la materia orgánica, el fósforo disponible y el pH. En general, la fertilización diferente a largo plazo predomina en la distribución de la comunidad bacteriana, mientras que los cambios a corto plazo en el modo de fertilización tienen un efecto más pequeño pero significativo en la distribución de la comunidad bacteriana, influenciando la cantidad y la abundancia relativa de los taxa bacterianos; la aplicación de fertilizantes orgánicos es más beneficiosa para la distribución uniforme de las bacterias.