En el campo de la agropradera, el sinergismo de la fertilización con fosfato (P) y la inoculación en la producción de alfalfa y el mecanismo subyacente de microbios raros y abundantes que regulan los procesos del suelo de la rizosfera en diversos ambientes son temas clave pero raramente estudiados. Aquí, llevamos a cabo una investigación de campo a través de la inoculación/no inoculación y cinco niveles de fertilizante de fósforo para explorar las relaciones biológicas de las propiedades del suelo de la rizosfera, los taxa raros y abundantes, y los rendimientos de alfalfa. Nuestros resultados demuestran que el uso de la inoculación y 15 g/m de fertilizante de fósforo exhibió un rendimiento óptimo de alfalfa en comparación con otros tratamientos. Los rendimientos de alfalfa aumentaron significativamente (R = 0.33; < 0.001) junto con la fertilidad del suelo. Tanto las comunidades bacterianas raras (R = 0.900; = 0.001) como las abundantes (R = 0.769; = 0.001) fueron significativamente diferentes bajo la inoculación y la fertilización con P en un análisis de escalamiento multidimensional no métrico (NMDS). Además, diferentes procesos ecológicos dominaron el ensamblaje de la comunidad bacteriana rara y abundante. El análisis PLS-PM mostró que la inoculación regulaba positivamente la comunidad de bacterias abundantes y los regímenes de fertilización con P manipulaban la comunidad de bacterias raras, contribuyendo sinérgicamente a los rendimientos de alfalfa. En general, este artículo considera que la inoculación con y la aplicación apropiada de fertilizante de fósforo pueden aumentar significativamente el rendimiento de alfalfa y afectar la actividad enzimática del suelo, y las características de la comunidad bacteriana abundante y rara de la rizosfera tienen diferentes respuestas al efecto sinérgico de la inoculación y el fertilizante de fósforo. Nuestra investigación enfatiza el papel fundamental de los microbios abundantes y raros en el mantenimiento de la producción de cultivos mediante la inoculación y la fertilización con P. Por lo tanto, distinguir las especies raras y abundantes es beneficioso para comprender de manera integral los procesos impulsados por microbios y proporcionar apoyo teórico para mantener la productividad del ecosistema.