Los microorganismos del suelo son componentes importantes de los ecosistemas del suelo, y su diversidad juega un papel importante en mantener su estabilidad funcional. Los fertilizantes orgánicos son una medida importante para mejorar la fertilidad del suelo en la práctica agronómica. Los efectos de los fertilizantes orgánicos en la diversidad microbiana del suelo y la estructura de la comunidad son diferentes con diferentes grados de maduración. En este estudio, se aplicaron fertilizantes orgánicos sin compostar (R), fertilizantes orgánicos de alta temperatura (H), fertilizantes orgánicos de enfriamiento (C) y fertilizantes orgánicos descompuestos (D), y se analizaron las secuencias del gen 16S ARNr de bacterias en el suelo a través de la tecnología de secuenciación de alto rendimiento para comprender los efectos de los fertilizantes orgánicos con diferentes grados de maduración en la diversidad y estructura de la comunidad bacteriana en suelo salino. Comparado con la no fertilización, los tratamientos de fertilizantes orgánicos sin compostar, de alta temperatura y descompuestos redujeron significativamente la diversidad bacteriana del suelo: el tratamiento de fertilizante orgánico descompuesto redujo significativamente la riqueza bacteriana del suelo, el tratamiento de fertilizante orgánico de enfriamiento no tuvo un efecto significativo en la diversidad bacteriana y la riqueza bacteriana, Proteobacteria que representan nutrientes del suelo aumentaron significativamente bajo el tratamiento de fertilizante orgánico de enfriamiento, y la abundancia relativa de Firmicutes disminuyó significativamente. Estos cuatro fertilizantes orgánicos, con diferentes grados de maduración, aumentaron significativamente la bacteria beneficiosa Bacillus y las bacterias degradadoras basadas en nitrilos pero también aumentaron significativamente la patogenicidad potencial del suelo, y no hubo diferencia significativa entre los cuatro tratamientos. Además, durante un período de enfriamiento, el tratamiento de fertilizante orgánico ayudó a aumentar la población de bacterias tolerantes al estrés oxidativo. La aplicación de fertilizante orgánico durante un período de enfriamiento en suelo salino- alcalino es más útil para mejorar sus niveles de nutrientes.