La fertilización juega roles importantes en mejorar la fertilidad del suelo y aumentar el rendimiento de los cultivos. Las comunidades microbianas del suelo son indicadores sensibles de la calidad y salud del suelo, que podrían verse afectadas por la estrategia de fertilización. Sin embargo, nuestro conocimiento sobre cómo la aplicación de fertilizantes orgánico-inorgánicos afecta a las comunidades bacterianas del suelo sigue siendo en gran parte poco comprendido. En este estudio, investigamos los efectos a largo plazo de diferentes estrategias de fertilización orgánico-inorgánica: sin fertilizante (CK), fertilizantes NPK (CF), fertilizantes NPK más 30% de abono orgánico (CFM1) y fertilizantes NPK más 60% de abono orgánico (CFM2) en las comunidades bacterianas del suelo en campos de arroz. Los resultados mostraron que las abundancias del gen de ADN ribosomal 16S bacteriano en los tratamientos CF, CFM1 y CFM2 fueron 1,44, 1,54 y 1,28 veces mayores que en CK y el índice ACE en el tratamiento CFM1 fue un 9,0% mayor que en el tratamiento CFM2, respectivamente. La estrategia de fertilización cambió significativamente la abundancia relativa de Nitrospirae, Gemmatimonadetes y bacterias no clasificadas a nivel de filo y bacterias pertenecientes al orden Nitrospira, bacterias candidatas SBR2076, bacterias no clasificadas, Syntrophobacterales y Solibacterales a nivel de orden, respectivamente. Las altas tasas de aplicación de fertilizantes orgánico-inorgánicos inhibieron el crecimiento de Nitrospirae en un 20-35% y estimularon el crecimiento de Gemmatimonadetes en un 14-77%, en relación con el resto de los tratamientos, respectivamente. El análisis jerárquico de clusters y el análisis de coordenadas principales (PCoA) mostraron que la estrategia de fertilización afectó las estructuras de las comunidades bacterianas, y los tratamientos fertilizados orgánico-inorgánicamente poseían estructuras de comunidades bacterianas similares. Además, el pH del suelo, el nitrógeno total (TN) y el carbono orgánico del suelo (SOC) fueron los principales factores impulsores que alteraron las comunidades bacterianas. Nuestros resultados sugirieron que la aplicación combinada de fertilizantes orgánico-inorgánicos aumentó los contenidos de nutrientes del suelo y las abundancias bacterianas, y esto podría ser una estrategia de fertilización optimizada en la regulación de las comunidades bacterianas del suelo para la producción de arroz.