Este estudio piloto investiga el perfil químico y el potencial antioxidante de seis genotipos de arándanos: tres tetraploides de la especie de arándanos de altabush y tres hexaploides de la especie de arándanos de rabbiteye. El objetivo era caracterizar la composición bioquímica de estos genotipos, cultivados en condiciones pedoclimáticas idénticas, y evaluar la variación en compuestos bioactivos asociados con la actividad antioxidante. Se emplearon análisis metabolómicos e iónomicos para identificar y cuantificar relativamente estos compuestos. Los análisis multivariados agruparon los genotipos según perfiles fitoquímicos, señalando metabolitos clave para el agrupamiento de genotipos. Se observaron variaciones significativas entre los genotipos. Ochlockonee y Overtime tenían los niveles más altos de antocianinas, fenoles, ascorbatos y actividad antioxidante. Más de treinta metabolitos (ácidos orgánicos, azúcares y glucósidos de flavonoides) impulsaron el agrupamiento de genotipos. Aunque Last Call y Legacy tenían más metabolitos, sus propiedades antioxidantes eran más bajas, lo que sugiere que la calidad fenólica influye más en la actividad antioxidante que la cantidad. Overtime tenía el contenido fenólico más alto, seguido de Last Call en antocianinas. Liberty y Legacy mostraron los niveles más bajos de antocianinas y ascorbatos, mientras que Overtime y Ochlockonee se caracterizaron por un aumento en el contenido de ascorbato. Los arándanos de rabbiteye mostraron un mayor potencial antioxidante que los de alta bush, lo que indica que la eficacia antioxidante depende más de la composición y calidad de los compuestos bioactivos que de su concentración total.