Las anomalías cromosómicas están asociadas en gran medida con problemas de fertilidad en el caballo doméstico. Hasta la fecha, se han reportado más de 600 casos de individuos con complementos cromosómicos anormales, lo que convierte al caballo doméstico en la especie con la mayor prevalencia. Sin embargo, los estudios que analizan la prevalencia de enfermedades cromosómicas en poblaciones enteras son escasos. Por lo tanto, empleamos una herramienta molecular de dos pasos para detectar y diagnosticar anomalías cromosómicas en una gran población de 25,237 caballos de Pura Raza Español. Los individuos fueron primero examinados utilizando resultados de pruebas de paternidad de repeticiones cortas en tándem y evaluaciones fenotípicas. Aquellos animales que mostraron resultados que sugerían anomalías cromosómicas fueron reexaminados utilizando una metodología de diagnóstico basada en polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) para determinar con precisión los complementos cromosómicos. Trece individuos mostraron un cribado positivo, todos los cuales fueron diagnosticados como cromosómicamente anormales, incluyendo cinco yeguas 64,XY con trastornos del desarrollo sexual (DSD) y cuatro casos de quimerismo sanguíneo (dos casos masculino/femenino y dos casos femenino/femenino). Además, detectamos un síndrome de Turner y un síndrome de Klinefelter y dos individuos con cariotipos complejos. La prevalencia general en toda la población fue de aproximadamente 0.05%, con la prevalencia de DSD 64,XY y quimerismo sanguíneo de aproximadamente 0.02% y 0.016%, respectivamente. Sin embargo, los resultados generales deben tomarse con precaución ya que los individuos con síndrome de Turner (en formas completas (63,X) o mosaico (mos 63,X/64,XX)) no pueden ser detectados debido a limitaciones en la metodología empleada. Finalmente, se discute la falta de acuerdo entre los estudios poblacionales realizados utilizando cariotipificación o métodos moleculares. Hasta donde sabemos, este es el estudio poblacional más grande realizado para evaluar la prevalencia de las anomalías cromosómicas más comunes en el caballo doméstico.