El café es uno de los productos agrícolas más valiosos a nivel mundial, solo superado por el petróleo en términos de comercio internacional. L. es un cultivo ampliamente cultivado e importante económicamente que es responsable de aproximadamente el 90% de la producción mundial de café. En este estudio, seleccionamos cinco sitios de cultivo en diferentes altitudes para clarificar los efectos de la altitud en las características físico-químicas del suelo rizosférico y las comunidades microbianas. Las muestras recolectadas en altitudes bajas tenían menos nutrientes y eran más ácidas que las muestras de suelo recolectadas en altitudes medias-altas. La proporción de Proteobacteria a Acidobacteria aumentó desde altitudes más bajas hasta altitudes medias-altas. Además, aunque Ascomycota era el filo fúngico dominante, no se vio afectado por la altitud. Además, la riqueza alfa y la diversidad de las comunidades bacterianas y fúngicas fueron mayores en altitudes medias-altas que en altitudes bajas. Además, el análisis de redundancia indicó que los filos microbianos estaban estrechamente asociados con el pH. Estos hallazgos sugieren que el café debería ser cultivado en altitudes medias-altas, lo cual es propicio para la gestión sostenible y la producción de granos de alta calidad.