Como el grupo de mamíferos más abundante, los roedores poseen un ecotipo muy rico, lo que los hace ideales para estudiar la relación entre la dieta y la microecología intestinal del hospedador. Los zokores son roedores herbívoros especializados adaptados a vivir bajo tierra. A diferencia de los roedores herbívoros más generalizados, se alimentan de las partes subterráneas de las plantas de pradera. Hay dos especies del género en las estepas euroasiáticas en China: una habita en praderas de hierba y áreas de borde de bosque, y la otra habita en áreas de pradera típica. ¿Cómo se adaptan las elecciones dietéticas de las dos especies a una vida subterránea a largo plazo, y cuál es la relación de esta dieta con los microbios intestinales? ¿Existen géneros indicadores únicos para sus comunidades microbianas intestinales? Factores relevantes, como la capacidad de ambas especies para degradar celulosa, aún no están claros. En este estudio, analizamos las comunidades bacterianas intestinales y las composiciones dietéticas de dos especies de zokores utilizando tecnología de amplificación 16S combinada con tecnología de macro-codificación. Encontramos que la diversidad de las comunidades bacterianas microbianas intestinales en una especie era significativamente mayor que en la otra y que las dos especies de zokores poseían diferentes géneros bacterianos indicadores intestinales. Las diferencias en los hábitos alimenticios de las dos especies de zokores provienen de la composición de los alimentos más que de la diversidad. Basado en los resultados de los análisis de Mantel, la comunidad bacteriana intestinal de una especie mostró una correlación positiva significativa con el tipo de alimento de raíces rastreras, y había una relación complementaria entre el eje de alimento tipo raíz y el alimento dominado por tipo rizoma (que contiene tipos de bulbos y tipos de raíces tuberosas). La predicción funcional basada en KEGG encontró que una especie poseía una mayor capacidad de degradación en la misma vía de degradación de celulosa. Los resultados de modelado neutral muestran que la flora intestinal de una especie tiene un nicho ecológico más amplio en comparación con la otra. Esto proporciona una nueva perspectiva para entender cómo los roedores que viven bajo tierra en áreas de pradera responden a los cambios en las condiciones alimenticias.