La resiliencia del ecosistema de innovación (IER) es la máxima tolerancia de un ecosistema de innovación a accidentes, crisis y otros choques externos. Desarrollar tal resiliencia implica etapas como la diversificación de riesgos, la mitigación de impactos, la recuperación y reconstrucción, y el desarrollo innovador. Este estudio primero construye un sistema de índices de evaluación para la IER con las dimensiones de diversidad, capacidad de evolución, fluidez y amortiguación. En segundo lugar, se utiliza un modelo de grado de coordinación de acoplamiento para evaluar y monitorear la IER, y los niveles de alerta se subdividen aún más con la ayuda de un modelo de grado de alerta. Finalmente, a través de un modelo de grado de obstáculos, se determinan los principales obstáculos para la IER. Los hallazgos de la investigación son los siguientes: Primero, la tendencia de desarrollo de la IER en China es relativamente estable. Segundo, la heterogeneidad regional de la IER es evidente. Tercero, la IER en la mayoría de las regiones del país se encuentra en la etapa de alerta temprana. Cuarto, el número de empresas con actividades de I+D, el número de patentes otorgadas, la proporción de fondos extranjeros que contribuyen al gasto interno en I+D y la generación de energía hidroeléctrica son los mayores obstáculos para la diversidad, la capacidad de evolución, la fluidez y la amortiguación, respectivamente. Los principales obstáculos son ligeramente diferentes en diferentes regiones. Esta investigación establece un sistema de monitoreo y alerta temprana para la IER, lo que es propicio para descubrir a tiempo los eslabones débiles en un ecosistema de innovación y sonar la alarma. Esto ayudará a los departamentos gubernamentales a formular planes de respuesta graduados científicos y razonables, reducir el riesgo de emergencias en la sociedad y la seguridad nacional, y garantizar la resiliencia y estabilidad de los ecosistemas de innovación.