Para abordar las preocupaciones sobre la seguridad alimentaria global, el sistema de cultivo integrado de arroz y peces, un enfoque innovador en la agricultura, ha ganado una amplia adopción. Sin embargo, la investigación sobre su impacto en los ecosistemas agrícolas, particularmente en las comunidades bacterianas planctónicas, sigue siendo muy limitada. Este estudio analizó las diferencias en diversidad, composición, redes de co-ocurrencia y procesos de ensamblaje de comunidades bacterianas planctónicas en el agua de arroz entre la monocultura tradicional de arroz y el cultivo integrado de arroz y cangrejo de río rojo durante diferentes etapas de crecimiento del arroz. Nuestros resultados revelaron que un sistema de cultivo integrado de arroz y cangrejo de río modificó significativamente la estructura de la comunidad de bacterioplancton, sus redes de co-ocurrencia y dinámicas de ensamblaje, así como los factores ambientales dentro del agua de arroz en comparación con la monocultura tradicional de arroz. Es importante destacar que estos cambios indicaron el notable potencial del cultivo integrado de arroz y cangrejo de río para mejorar la estabilidad de las comunidades de bacterioplancton y promover el crecimiento del arroz. Nuestros hallazgos proporcionaron datos cruciales y perspectivas teóricas sobre los impactos microbiológicos y ecológicos del cultivo integrado de arroz y cangrejo de río en los ecosistemas agrícolas, contribuyendo a la sostenibilidad y optimización de los patrones de producción de arroz.