Las lenguas de los vertebrados reflejan sus adaptaciones a diversas estrategias de alimentación, los tipos de alimentos que consumen y los entornos que habitan. En cetáceos, se han estudiado los aspectos macro y microanatómicos de las lenguas de pocas especies. Aquí, analizamos, por primera vez, la morfología de las lenguas de dos especies de marsopas (la marsopa de anteojos y la marsopa de Burmeister; juveniles y adultos), cuya biología es poco conocida. Describimos una serie de aspectos novedosos relacionados con las diferencias morfológicas ontogenéticas y documentamos el hallazgo de estructuras termorreguladoras y componentes del sistema inmunológico. Las diferencias entre individuos juveniles y adultos de la misma especie, así como entre juveniles y adultos de ambas especies, pueden estar relacionadas con sus tipos de alimentación y/o distribución geográfica. Además, encontramos un sistema vascular lingual, que solo se ha mencionado para las ballenas de barbas y el cachalote (pero nunca para cetáceos de dientes más pequeños), que puede participar en la termorregulación de estos individuos. Ambas especies tienen papilas marginales, pero solo en la marsopa de Burmeister se encontraron pequeñas papilas gustativas, posiblemente vestigiales. Una mejor comprensión de la biología de estas dos especies de marsopas ayudará a desarrollar estrategias útiles que contribuyan a su protección en un futuro cercano.