El ballico tiene una tolerancia relativamente alta a la sal y se considera una especie prometedora tanto para forraje como para fines de césped en suelos afectados por la sal en China. Aunque el ballico anual y el ballico perenne son dos especies diferentes, tienen genomas similares. Sin embargo, se sabe poco sobre sus mecanismos de respuesta fisiológica y molecular al estrés por salinidad. Aquí se midieron la biomasa, la fluorescencia de la clorofila y el contenido de iones inorgánicos y solutos orgánicos. Luego se utilizó la tecnología proteómica basada en 2-DE para identificar las proteínas diferencialmente expresadas en las plántulas tratadas con sal. Los resultados mostraron que el estrés por sal redujo el crecimiento y la fotosíntesis en las plántulas de ambas especies, pero mucho más en el ballico anual. Con el aumento de la salinidad, la concentración de Na aumentó mientras que la concentración de K disminuyó en ambas especies, y los azúcares y la prolina aumentaron como los principales solutos orgánicos utilizados para hacer frente al estrés osmótico. Además, el análisis proteómico reveló 33 y 37 proteínas diferencialmente expresadas en el ballico anual y perenne, respectivamente. La mayoría de las proteínas identificadas estaban involucradas en el metabolismo de carbohidratos y energía, fotosíntesis, procesos de información genética, metabolismo de aminoácidos, defensa contra el estrés y síntesis y plegamiento de proteínas. Los resultados sugieren que las dos especies de ballico tuvieron diferentes respuestas fisiológicas y proteómicas. Estos hallazgos pueden proporcionar nuevas ideas sobre los mecanismos fisiológicos por los cuales las especies de ballico responden al estrés por salinidad.