El retorno de paja y estiércol a los campos agrícolas puede afectar el carbono orgánico del suelo (SOC) y las propiedades biológicas. Sin embargo, existe una falta de investigación sobre cómo el uso conjunto de estiércol de cerdo, paja de maíz y diversos acondicionadores afecta a las poblaciones de bacterias y hongos del suelo. Este estudio tuvo como objetivo investigar seis tratamientos, a saber, solo paja de maíz (S00), paja de maíz combinada con estiércol de cerdo (S0Z), paja de maíz combinada con biochar y estiércol de cerdo (SCZ), paja de maíz combinada con escoria de boro y estiércol de cerdo (SBZ), paja de maíz combinada con agente biológico y estiércol de cerdo (SJZ) y paja de maíz combinada con fertilizante bioorgánico y estiércol de cerdo (SFZ). Los resultados mostraron que después de dos años de aplicación, todos los tratamientos aumentaron el contenido de SOC en 2023, siendo un 12.55-26.89% más alto que S00. Y el tratamiento SCZ aumentó significativamente el carbono orgánico del suelo (SOC), carbono orgánico disuelto (DOC), carbono fácilmente oxidable (EOC), carbono orgánico particulado (POC) y carbono de biomasa microbiana (MBC) en un 26.89%, 25.44%, 56.88%, 16.08% y 43.54%, respectivamente, en comparación con S00. Un análisis de redundancia (RDA) mostró que la aplicación continua de estiércol, paja de maíz y acondicionadores tiene un impacto positivo en la diversidad y abundancia de las comunidades microbianas del suelo, mejorando la acumulación de carbono en el suelo. Además, nuestra investigación reveló que los hongos del suelo mostraron una mayor sensibilidad en la composición del carbono del suelo después de la adición de estiércol, paja y acondicionadores a los campos agrícolas que las bacterias. En conclusión, la adición de diferentes acondicionadores a los campos es beneficiosa para la conservación de la biodiversidad desde la perspectiva de lograr el almacenamiento de carbono en el suelo y la protección del suelo. Nuestros hallazgos sugirieron que la combinación de paja de maíz, biochar y estiércol de cerdo ha demostrado ser el tratamiento más efectivo para aumentar las fracciones de carbono orgánico lábiles y mejorar la comunidad microbiana.