Las plantas pueden infectarse con múltiples virus. Las herramientas de secuenciación de alto rendimiento han permitido numerosos descubrimientos de infecciones de múltiples cepas, cuando más de una cepa viral o variante genómica divergente infecta una sola planta. Aquí, investigamos pequeños ARN interferentes (siARN) en una sola planta de fresa co-infectada con varias cepas del virus del moteado de la fresa (SMoV), el virus de la arruga de la fresa (SCV) y el virus de la fresa 1 (StrV-1). También se evaluó una variedad de plantas infectadas con subconjuntos de las especies y cepas virales iniciales que se obtuvieron mediante transmisión mediada por pulgones. Utilizando secuenciación de alto rendimiento, caracterizamos las fracciones de ARN pequeño asociadas con diferentes genotipos de estos tres virus y determinamos regiones calientes de ARN pequeño en los genomas virales. Una comparación de la abundancia de siARN específicos de virus (vsiARN) con las concentraciones virales relativas no reveló ningún acuerdo consistente. Se encontró que las cepas del virus del moteado de la fresa que exhibían variaciones considerables en las concentraciones estaban asociadas con cantidades comparables de vsiARN. Además, al estimar la especificidad de los siARN para diferentes cepas virales, observamos que un pool sustancial de vsiARN podría dirigirse a todas las cepas de SMoV, mientras que los vsiARN específicos de cepa se dirigían predominantemente a rabdovirus, SCV y StrV-1. Esto destaca la naturaleza intrincada y la posible interferencia de la respuesta antiviral dentro de una sola planta infectada cuando están presentes múltiples virus.