El genotipo del portainjerto juega un papel crucial en la determinación de varios aspectos del desarrollo del injerto, incluida la estructura tridimensional del injerto o la arquitectura del árbol. En consecuencia, la elección del portainjerto es un factor fundamental en el establecimiento de nuevos sistemas de plantación intensiva de almendros, que requieren cultivares que puedan adaptarse a distintos requisitos de vigor y forma. Sin embargo, considerando la capacidad del genotipo del portainjerto para influir en el desarrollo del injerto, es probable que el genotipo del injerto afecte recíprocamente el rendimiento del portainjerto. En el contexto de este estudio, realizamos un análisis transcriptómico de la interacción injerto/portainjerto en jóvenes almendros, con un enfoque específico en elucidar el impacto del injerto en la respuesta molecular del portainjerto. Dos cultivares comerciales de almendro fueron injertados en dos portainjertos híbridos, generando así cuatro combinaciones distintas. A través del análisis de RNA-Seq, discernimos que, efectivamente, el genotipo del injerto ejerce una influencia en el perfil de expresión del portainjerto. Esta influencia se manifiesta a través de la modulación de genes asociados con la regulación hormonal, la división celular, el desarrollo de raíces y la señalización de luz. Esta intrincada interacción entre la comunicación del injerto y el portainjerto juega un papel fundamental en el desarrollo tanto del injerto como del portainjerto, subrayando la importancia crítica de una elección correcta al establecer nuevos huertos de almendros.