La sombra prolongada durante la etapa reproductiva puede resultar en pérdidas significativas de rendimiento en el arroz. Para este estudio, elucidamos el papel de los microARN en la tolerancia a la sombra prolongada (~20 días de sombra) en una variedad de arroz tolerante a la sombra, Swarnaprabha (SP), en su etapa reproductiva utilizando secuenciación de ARN pequeño y degradoma con análisis de expresión mediante microarreglos y qRT-PCR. Este estudio demuestra que la regulación de miARN (miR) para la tolerancia a la sombra consiste predominantemente en la desactivación del miR en sí, lo que lleva a la regulación al alza de sus objetivos. Los miRs expresados diferencialmente regulados al alza y a la baja presentaron diferencias drásticas en la categoría de objetivos según la función y la vía en la que están involucrados. Además, los miRs regulados de manera neutral y expresados de forma única también contribuyeron a la respuesta de tolerancia a la sombra al alterar la expresión diferencial de sus objetivos, probablemente debido a sus afinidades de unión diferencial. Los DEms regulados al alza se dirigieron principalmente a los transcritos relacionados con la pared celular, la membrana, el citoesqueleto y la síntesis de celulosa, y los DEms regulados a la baja se dirigieron a los transcritos de fotosíntesis, metabolismo de carbono y azúcares, metabolismo energético y metabolismo de aminoácidos y proteínas. Identificamos 16 miARN con 21 pares de objetivos, cuyas acciones pueden contribuir significativamente al fenotipo de tolerancia a la sombra y al rendimiento sostenible de SP. Los más notables entre estos fueron - y - para un mayor tamaño de panícula, - para la formación de granos, miR6245- para una disminución de la resistencia mecánica del tallo, - y - para un mejor desarrollo del polen, y - para la hiponastia bajo sombra.