El y var. son típicos, así como medicamentos ornamentales tradicionales y chinos en Asia; sin embargo, se necesita más información sobre los mecanismos que subyacen a la coloración de sus flores. Aquí, perfilamos el metaboloma de flavonoides y realizamos secuenciación de longitud completa además de análisis de transcriptoma para investigar la biosíntesis de flavonoides y los cambios globales en el transcriptoma entre diferentes cultivares de coloración de pétalos de y var. . Los antocianinas totales además de los valores de RHSCC y los valores de CIE 1976 de los pétalos fueron altamente consistentes con el color del pétalo. Además, se identificaron un total de 207 componentes flavonoides. De estos, 13 compuestos flavonoides se consideraron compuestos de expresión significativamente diferente altamente consistentes con la información de color en las 4 muestras. Mientras tanto, se construyó el primer transcriptoma de longitud completa de var., que tenía 171,783 transcripciones no redundantes de alta calidad con corrección con secuenciación de próxima generación (NGS). Entre ellas, 52,851 transcripciones fueron anotadas en las siete bases de datos de NR, KOG, GO, NT, Pfam, Swiss-Port y KEGG. Combinado con análisis de NGS, los DETs involucrados en flavonoides y antocianinas contribuyeron en mayor medida a la coloración de la flor. Además, las diferentes expresiones de ocho y cuatro genes estaban correlacionadas positivamente con la biosíntesis de flavonoides, y los cuatro, así como uno, estaban correlacionados positivamente con el contenido de siete antocianinas revelado por el acoplamiento de análisis de metabolómica y transcriptómica. En conjunto, estos resultados se utilizaron para identificar genes candidatos mediante el análisis de cambios en la coloración de las flores a niveles metabólicos y transcriptómicos completos en y var. .