La diarrea es una condición que afecta particularmente a los niños menores de cinco años en los países en desarrollo. El objetivo de este estudio fue evaluar la eficacia de los extractos medicinales de plantas utilizados en el tratamiento y caracterizar su capacidad inhibitoria en el crecimiento de aislamientos bacterianos en la diarrea infantil en la región sureste de Gabón. Se llevó a cabo una encuesta etnobotánica sobre las plantas utilizadas en el tratamiento de la diarrea en el sureste de Gabón y se realizó un análisis fitoquímico de las plantas recolectadas. Se evaluó la actividad antimicrobiana de los extractos acuosos; se identificaron 33 especies de plantas, representando 28 géneros y 19 familias. La corteza (39.5%) fue la parte de planta más utilizada, seguida de las formulaciones en polvo (28.9%). El método de preparación preferido fue la masticación (44.7%), junto con la ingestión (36.8%), que fueron los modos de administración más prevalentes. El análisis fitoquímico mostró una plétora de metabolitos secundarios (terpenoides, alcaloides y compuestos fenólicos), y se encontró un nivel marcado de actividad anti-diarreica con spp. (16.22 +/- 0.7 mm y 14.05 +/- 1.4 mm) y (16.35 +/- 0.5 mm y 15.51 +/- 0.5 mm). La alta diversidad de metabolitos secundarios de plantas y su capacidad inhibitoria contra patógenos entéricos justificarían su uso a nivel local para tratar infecciones diarreicas.