En este artículo, formulamos un modelo numérico para estudiar las ondas no estacionarias generadas por el flujo de fluido sobre un lecho ondulado permeable. El modelo se deriva de problemas de valor en la frontera utilizando la teoría potencial. Resolvemos el modelo numéricamente utilizando un método de diferencias finitas. Como resultado, encontramos que el flujo sobre una capa porosa genera ondas perturbadas por protuberancias en la capa porosa. La simulación también mostró que el perfil de la onda se desplaza del lecho permeable. Los resultados de este estudio pueden incorporarse en el diseño de rompeolas artificiales y naturales sumergidos.