Una especie de pez críticamente amenazada (CR) del sistema fluvial del Yangtsé en China ha experimentado un severo declive en su población silvestre. Comprender sus mecanismos de variación fenotípica es esencial para desarrollar estrategias efectivas de conservación y restauración. Utilizando morfometría geométrica basada en 14 puntos de referencia, examinamos la diferencia fenotípica entre cinco poblaciones del cauce principal, el afluente y los lagos conectados al río en el medio Yangtsé. Los resultados mostraron que se detectó una divergencia fenotípica significativa entre las poblaciones de río y lago. Los individuos de río exhibieron un cuerpo más alargado, cabeza más pequeña, posición de boca inferior, opérculo más grande y pedúnculo caudal más estrecho, mientras que los individuos de lago mostraron un cuerpo más profundo y un desplazamiento anterior en el origen de la aleta pelvica. La primera variable canónica distinguió efectivamente las poblaciones de río y lago, con una precisión de clasificación tanto original como de validación cruzada que superó el 90%, lo que indica que la heterogeneidad del hábitat fue el principal motor de la diferenciación fenotípica. No se encontró una correlación significativa entre la distancia morfológica y la distancia geográfica. La temperatura del agua, la velocidad del flujo, la profundidad del agua y la abundancia de alimento influyeron significativamente en la variación fenotípica, pero sus efectos individuales fueron limitados, lo que sugiere que la conformación ambiental de la morfología dependía más de efectos sinérgicos. Nuestros hallazgos proporcionan importantes perspectivas sobre la evolución adaptativa de esta especie críticamente amenazada y ofrecen una base científica para los esfuerzos de conservación.