En Burkina Faso, las cabras son la segunda población de ganado rumiante más numerosa, con razas casi exclusivamente indígenas criadas en sistemas de producción extensiva en varias zonas agroecológicas. Este estudio se llevó a cabo para comprender la variación morfológica de las razas locales de cabras en las zonas agroecológicas sudano-saharianas y sudanianas. Se muestrearon un total de 511 animales hembras adultas pertenecientes a dos poblaciones presumidas (raza Mossi en la zona sudano-sahariana y raza Djallonké en la zona sudaniana) y se registraron el peso corporal, así como una serie de medidas corporales lineales, siguiendo las directrices de la FAO. Las medias de cuadrados mínimos de las medidas corporales indicaron que las cabras sudano-saharianas tienen medidas corporales significativamente ( < 0.001) mayores que las cabras sudanianas. Además, se observó una alta variabilidad relativa de las dos poblaciones en rasgos morfométricos. El Análisis de Componentes Principales (PCA) sugirió una estructura entre la raza Mossi por un lado y la Djallonké por el otro, pero no se observó una separación estricta, lo que sugiere que está ocurriendo flujo genético entre las diferentes poblaciones. Se construyó un mapa de dispersión con cuatro clústeres basado en los dos primeros factores. Las medias de cuadrados mínimos de las medidas corporales clasificaron los cuatro grupos de menor a mayor tamaño corporal, a saber, Djallonké, Mossi x Djallonké, Mossi y Sahelian x Mossi. El flujo genético de las cabras sahelianas hacia otras poblaciones del país, basado en la migración del grupo étnico Fulani desde el Sahel hacia áreas con razas Mossi y Djallonké, podría explicar esta configuración y confirma la erosión continua de la identidad genética de estas dos razas locales. El uso sostenible de estos recursos genéticos locales de cabras adaptadas requiere la promoción de mejoras genéticas sostenibles utilizando enfoques de cría participativa.