Los cítricos son una de las frutas más consumidas en el mundo, y su industria de cultivo continúa desarrollándose rápidamente. Sin embargo, los roles de las comunidades de protistas del suelo durante el crecimiento de los cítricos aún no se comprenden completamente, a pesar de la posible importancia de estas comunidades para la salud y calidad de los cítricos. En este estudio, examinamos las propiedades del suelo y las comunidades de protistas en tierras agrícolas de limón Eureka ubicadas en Chongqing, China, durante las etapas de floración y fructificación del cultivo, tanto en invernaderos como en campos abiertos. En general, la mayoría de las propiedades del suelo medidas (incluidos nutrientes y actividades enzimáticas) mostraron valores más altos en las tierras agrícolas de campo abierto en comparación con las observadas en los invernaderos. Según los resultados de la secuenciación de alto rendimiento basada en la región V9 del gen del ARNr 18S eucariota, la diversidad de las comunidades de protistas del suelo también fue mayor en las tierras agrícolas de campo abierto, y tanto la etapa de crecimiento del limón como los modos de cultivo mostraron efectos significativos en las composiciones de los protistas del suelo. La transición de prácticas agrícolas tradicionales a la agricultura en invernaderos resultó en una transformación significativa de la comunidad de protistas del suelo. Esta transformación se manifestó como un cambio hacia un estado caracterizado por capacidades de ciclo de nutrientes disminuidas. Este declive se evidenció por un aumento en los fotótrofos (Archaeplastida) y una disminución concomitante en los consumidores (Stramenopiles y Alveolata). El análisis de ensamblaje de la comunidad reveló procesos deterministas que controlaron la sucesión de comunidades de protistas del suelo en tierras agrícolas de limón. Se ha establecido que las asociaciones ambientales tienen la capacidad de reconocer el nitrógeno en los suelos, proporcionando así un proceso de selección determinista para el ensamblaje de la comunidad de protistas. Además, se calculó un índice de producción basado en 12 parámetros de calidad de los limones, y los resultados indicaron que los limones de las granjas de invernadero exhibieron una calidad inferior en comparación con los de los campos abiertos. El modelo de ecuación estructural reveló una correlación directa entre la calidad de los limones y los métodos de cultivo empleados, así como la composición de los protistas del suelo. El presente estudio ofrece información sobre los mecanismos subyacentes a las correlaciones entre la comunidad de protistas del suelo y la calidad del limón en respuesta a los cambios en los modos de cultivo.