La microbiota de la leche es un ecosistema microbiano complejo con implicaciones para la calidad del producto, la seguridad y la salud animal. Sin embargo, existen datos limitados sobre la microbiota de la leche de cabra, particularmente en razas locales. Este estudio proporciona la primera caracterización detallada de la microbiota de la leche de cabras Girgentana, una raza siciliana resistente valorada por sus productos lácteos de alta calidad. Se utilizó la secuenciación Illumina NovaSeq para analizar las regiones V3-V4 del 16S rRNA de 44 muestras individuales y 3 muestras de leche a granel. En resumen, la secuenciación del gen 16S rRNA produjo un total de 8,135,944 lecturas de alta calidad, identificando 1134 unidades taxonómicas operativas (OTUs) en todas las muestras individuales. En promedio, cada muestra mostró 864 OTUs con conteos > 0. Las métricas de diversidad alfa, basadas en estimadores de riqueza (Chao1: 948.1; ACE: 936.3) e índices de diversidad (Shannon: 4.06; Simpson: 0.95; Fisher: 118.5), indicaron una comunidad heterogénea con taxones comunes y de baja abundancia. (51%) y (27%) fueron los filos predominantes, con (54%) y (22%) dominando a nivel de familia. Notablemente, los perfiles de leche a granel de la granja reflejaron de cerca las muestras individuales. Estos resultados establecen una línea base de microbiota de la leche para la raza Girgentana y ofrecen valiosos conocimientos sobre la ecología microbiana en sistemas lácteos tradicionales, apoyando futuras comparaciones entre razas y prácticas agrícolas.