Las ovejas Hu, una especie criada localmente en China conocida por su alta productividad, están sufriendo actualmente de neumonía. Aquí, combinamos la secuenciación del gen 16SrRNA de alto rendimiento y el cultivo bacteriano para examinar la comunidad bacteriana en los pulmones de ovejas Hu con neumonía. Los resultados mostraron que la abundancia y diversidad de bacterias pulmonares en ovejas sanas eran significativamente mayores que en las ovejas con neumonía, mientras que no hubo diferencia significativa entre la neumonía moderada y severa. Además, la composición de la comunidad del microbiota pulmonar sufrió alteraciones significativas entre los diferentes niveles de gravedad de la neumonía. La aplicación del análisis LEfSe reveló un notable enriquecimiento dentro de los pulmones de ovejas afectadas por neumonía moderada, superando los niveles observados en sus contrapartes sanas. Además, surgió como el grupo bacteriano predominante dentro de los pulmones de ovejas que padecen neumonía severa. Integrando los resultados de aislamiento e identificación bacteriana, determinamos concluyentemente que era la principal bacteria patógena dentro de los pulmones de ovejas afectadas por neumonía moderada. Además, el agravamiento de la neumonía puede atribuirse a la interacción sinérgica entre spp. y otras especies bacterianas. Nuestros resultados proporcionan nuevas perspectivas para guiar medidas preventivas y terapéuticas para la neumonía de diferentes severidades en ovejas.