Las aves son vitales para los ecosistemas, sin embargo, los estudios sobre su microbioma intestinal siguen siendo limitados. Los hospitales de vida silvestre ofrecen una oportunidad única para estudiar aves salvajes como centinelas ambientales durante la rehabilitación. Muchas reciben antibióticos, pero el impacto en sus bacterias intestinales y la posible propagación de bacterias resistentes a los antibióticos después de la liberación no está claro. Este estudio examinó muestras cloacales de búhos rayados, la especie más comúnmente admitida en el Hospital de Vida Silvestre de Luisiana. Los búhos fueron asignados al azar a grupos tratados con antibióticos y no tratados, y se compararon sus microbiomas cloacales en el momento de la admisión y la liberación. Se detectó un cambio significativo en el microbioma en los búhos tratados con antibióticos en comparación con los búhos de control, con una reducción en la riqueza y uniformidad de las bacterias después de los antibióticos. También detectamos alteraciones en los genes de resistencia a los antibióticos a lo largo del tiempo, con algunos adquiriendo nuevos genes de resistencia durante su hospitalización. Estos hallazgos demuestran que la rehabilitación de la vida silvestre puede tener un impacto mínimo en su microbioma gastrointestinal en ausencia de tratamiento con antibióticos; sin embargo, el uso de antibióticos puede alterar significativamente el microbioma y potencialmente aumentar el riesgo de trasladar genes de resistencia a los antibióticos a ecosistemas naïve. Estos hallazgos pueden ser utilizados para guiar mejores prácticas de antibióticos y esfuerzos de conservación en la rehabilitación de la vida silvestre.