Aumentar la eficiencia de la fermentación en el rumen es una de las principales formas de maximizar la producción de rumiantes. Por lo tanto, es importante entender el microbioma ruminal, así como las influencias ambientales sobre esa comunidad. Sin embargo, no hay estudios que describan la microbiota ruminal en búfalos en la Amazonía. El objetivo de este estudio fue caracterizar el microbioma del rumen del búfalo de agua en la Amazonía oriental en las estaciones seca y lluviosa en tres ecosistemas de pastoreo: Baixo Amazonas, Continente do Pará, Ilha do Marajó, y en un sistema de confinamiento: Tomé-Açu. Se utilizaron setenta y un búfalos machos cruzados (Murrah x Mediterráneo), de entre 24 y 36 meses, con un peso promedio de 432 kg en la estación lluviosa y 409 kg en la estación seca, alimentados con pastos nativos o cultivados. En el sistema de confinamiento, la alimentación consistió en silo de sorgo, harina de soya, premix de sorgo húmedo y alimento comercial. Se recolectaron muestras de la dieta de cada ecosistema para análisis bromatológicos. Las recolecciones de contenido ruminal se llevaron a cabo en mataderos, con el rumen completamente vaciado y homogenizado, separando las fracciones sólida y líquida, y midiendo el pH ruminal. Se extrajo ADN de las muestras de rumen, que luego se secuenció utilizando Secuenciación de Representación Reducida con Enzimas de Restricción. La composición taxonómica fue en gran medida similar entre ecosistemas. Se reconocieron los 61 géneros en la base de datos de referencia, incluidos miembros de los dominios Bacteria y Archaea. La abundancia de 23 géneros bacterianos difirió significativamente entre el confinamiento de Tomé-Açu y otros ecosistemas. Algunos géneros tuvieron menor abundancia en muestras del sistema de Tomé-Açu. Entre los Archaea, el género fue menos abundante en Tomé-Açu, mientras que otro fue más abundante. Hubo una diferencia causada por todos los factores evaluados, pero la dieta (disponible u ofrecida) fue lo que más influyó en la microbiota ruminal.