Los perros mayores tienen una alta prevalencia de enfermedad periodontal y síndrome de disfunción cognitiva canina (CCDS), y ambos trastornos están correlacionados. De manera similar, la enfermedad periodontal y la enfermedad de Alzheimer están correlacionadas en las personas. Sin embargo, se sabe poco sobre la microbiota oral de los perros envejecidos. El objetivo de este proyecto fue caracterizar los cambios longitudinales en la microbiota oral en perros mayores. Se tomaron hisopos orales de diez perros mayores de clientes en 2-3 ocasiones a lo largo de 24 meses y se sometieron a secuenciación de genoma completo (WGS). El estado cognitivo se estableció en cada momento de muestreo. Se observó un aumento estadísticamente significativo en la diversidad alfa de especies bacterianas y fúngicas entre la primera y la última visita del estudio. Bacteroidetes y proteobacterias fueron los filos bacterianos más abundantes. La especie fue la más abundante (11.6% de las lecturas totales). La especie tuvo un aumento estadísticamente significativo en la abundancia relativa con la edad, mientras que el taxón oral 212 tuvo una asociación longitudinal positiva estadísticamente significativa con la puntuación cognitiva. Hay una mayor diversidad alfa fúngica y bacteriana en los perros envejecidos a lo largo del tiempo y casi una disbiosis oral universal. El papel de la microbiota oral, particularmente y y , en el envejecimiento y el CCDS merece una mayor investigación.