El microbioma de la superficie ocular se altera en ciertos estados de enfermedad. El objetivo de este estudio fue caracterizar el microbioma bacteriano de la superficie ocular bovina (BBOSM) en el contexto del carcinoma de células escamosas oculares (OSCC). Se muestrearon las conjuntivas de ojos normales (= 28) y de OSCC (= 10) de vacas de 2 a 13 años de dos granjas en Luisiana y Wyoming utilizando hisopos estériles individuales. Se realizó la extracción de ADN seguida de la secuenciación del gen del ARN ribosómico 16S (rRNA) y la reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR) para evaluar, respectivamente, el BBOSM relativo y absoluto. Se realizó un análisis discriminante (DA) utilizando datos de RT-PCR, y se realizó un análisis de abundancia relativa utilizando datos de secuenciación del gen del rRNA 16S. Se identificaron los 11 filos más abundantes en vacas normales y afectadas por OSCC mediante el análisis de secuenciación del gen del rRNA 16S. Se encontró que la abundancia relativa de Euryarchaeota era significativamente menor (= 0.0372) en ojos de OSCC en comparación con ojos normales. También se identificaron diferencias en la abundancia relativa dentro y entre ubicaciones geográficas. El DA cuadrático categorizó las muestras como OSCC o normales con una sensibilidad del 100% y una especificidad del 83.3-100%. El análisis de abundancia relativa identificó alteraciones en los filos del BBOSM relativo en OSCC. El DA cuadrático se puede utilizar para categorizar con precisión el BBOSM de muestras de superficie ocular normales y de OSCC.