El microbioma intestinal desempeña un papel esencial en la salud del huésped, y hay interés en utilizar la dieta para modular la composición y función de las comunidades microbianas. El hidrolizado de harina de copra (CMH) se utiliza comúnmente como un aditivo natural para mejorar la salud. Sin embargo, el microbioma intestinal es en gran medida desconocido a nivel de especies y está asociado con rutas metabólicas que involucran ácidos grasos de cadena corta (SCFAs). En este estudio, nuestro objetivo fue analizar, utilizando metagenómica integrativa, las especies predominantes y las rutas metabólicas involucradas en la producción de SCFAs en el microbioma intestinal humano después del tratamiento con CMH. El efecto del tratamiento con CMH en el microbioma intestinal tailandés se demostró utilizando genes 16S rRNA con tecnología de secuenciación de metagenoma completo (WMGS). En consecuencia, estos resultados revelaron que el CMH tiene efectos potencialmente beneficiosos en el microbioma intestinal. Doce especies bacterianas predominantes, así como sus posibles rutas metabólicas, estaban involucradas en redes microbianas cooperativas bajo la utilización de azúcares (por ejemplo, glucosa, manosa o xilosa) y suministro de energía (por ejemplo, NADH y ATP) en relación con la biosíntesis de SCFAs. Estos hallazgos sugieren que el CMH puede ser utilizado como una dieta prebiótica potencial para modular y mantener el microbioma intestinal. Hasta donde sabemos, este es el primer estudio que revela las especies bacterianas predominantes y las rutas metabólicas en el microbioma intestinal tailandés después del tratamiento con prebióticos potenciales.