En este trabajo, investigamos la estructura de la comunidad bacteriana en el aire obtenida mediante la secuenciación del gen 16S rRNA realizada en muestras de aerosol de diferentes ubicaciones interiores y exteriores. Las muestras de aerosol de 48 horas se recolectaron en dos laboratorios, en los pasillos y en el techo del Departamento de Matemáticas y Física de la Universidad de Salento (Italia). La investigación se llevó a cabo mediante la aplicación de un enfoque innovador de análisis de datos composicionales, basado principalmente en una transformación logarítmica centrada como procedimiento de estandarización, la distancia de Aitchison para la ordenación de datos y el análisis de componentes principales a través de la descomposición en valores singulares para la agrupación de datos. Esta metodología nos permitió explorar las principales relaciones entre las muestras, identificando diferentes resultados entre las muestras interiores y exteriores tanto a nivel de género como a nivel de especie, y representó los géneros más abundantes identificados en las muestras analizadas. De las 21 especies bacterianas identificadas con las mayores abundancias en las muestras de aerosol recolectadas, solo cuatro fueron comúnmente clasificadas como patógenos oportunistas humanos. Entre los géneros más asociados con ambientes interiores, se podría señalar que incluyen muchas especies que son únicas por ser resistentes a la radiación.