Los desechos de materia orgánica exógena, incluido el sustrato de champiñones gastado (SMS) y el estiércol de pollo (CM), pueden ser utilizados como base de un sistema de cultivo que mejora el suelo en la agricultura sostenible. Sin embargo, hasta ahora, existe una falta de información sobre indicadores de calidad importantes como la abundancia relativa de la comunidad fúngica, la estructura y la biodiversidad en suelos tratados con estos aditivos. En este estudio, se evaluaron las respuestas de la composición de la comunidad fúngica del suelo y la diversidad del micobioma a la aplicación de SMS y CM en comparación con el suelo de control utilizando una combinación de los siguientes enfoques moleculares: reacciones en cadena de la polimerasa cuantitativa, electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante, polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción terminal y secuenciación de próxima generación. El filo más abundante para ambos tratamientos fue Ascomycota, seguido de Basidiomycota. La aplicación de SMS y CM aumentó la abundancia de hongos, incluidos Tremellomycetes y Pezizomycetes para el aditivo SMS, mientras que los niveles de Mortierellomycetes, Pezizomycetes y Leotiomycetes aumentaron después de la adición de CM. SMS y CM redujeron beneficiosamente la abundancia relativa de varias unidades taxonómicas operativas (OTUs) que son posibles patógenos de cultivos. Los resultados proporcionan una nueva perspectiva sobre la comunidad fúngica asociada con aditivos orgánicos, lo cual debería ser beneficioso en la tarea de gestionar el micobioma del suelo, así como la protección y productividad de los cultivos.