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Análisis metagenómico de los microbiomas del polvo exterior: un estudio de caso de Abu Dhabi, Emiratos Árabes Unidos

Autores: Maloukh, Lina; Nazzal, Yousef; Kumarappan, Alagappan; Howari, Fares; Ambika, Lakshmi Kesari; Yahmadi, Rihab; Sharma, Manish; Iqbal, Jibran; Al-Taani, Ahmed A.; Salem, Imen Ben; Xavier, Cijo M.; Naseem, Muhamad

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Análisis metagenómico de los microbiomas del polvo exterior: un estudio de caso de Abu Dhabi, Emiratos Árabes Unidos


Categoría

Ciencias Naturales y Subdisciplinas

Subcategoría

Astronomía

Palabras clave

Polvo exterior
Agentes microbianos
Comunidades bacterianas
16S rRNA
Secuenciación de nueva generación
Herramientas de bioinformática

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 7

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Las cubiertas de polvo exterior abarcan una variedad de agentes microbianos provenientes de la tierra, el transporte, la flora microbiana humana, que incluye patógenos y comensales, y del aire del medio ambiente. Los aerosoles de polvo son ricos en comunidades bacterianas que tienen un impacto importante en la salud humana y en los entornos de vida. En este estudio, se recolectaron muestras exteriores de barricadas al borde de la carretera, muros de seguridad y cercas (18 muestras) en Abu Dhabi, Emiratos Árabes Unidos, y se evaluó la diversidad bacteriana a través de un enfoque de secuenciación de próxima generación de amplicones de 16S rRNA. Los datos limpios de HiSeq produjeron 1,099,892 pares de lecturas totales para 18 muestras. Para todas las muestras, se asignaron clasificaciones taxonómicas a las secuencias representativas de las UTO (unidades taxonómicas operativas) utilizando la base de datos del Proyecto de Base de Datos Ribosomal. Se realizaron análisis como diversidad alfa, diversidad beta, análisis de especies diferenciales y abundancia relativa de especies en el agrupamiento de muestras, y se obtuvo un mapa de calor del perfil funcional a partir de las UTO utilizando herramientas bioinformáticas. Se identificaron un total de 2814 UTO de esas muestras con una cobertura de más del 99%. En el filo, las 18 muestras tenían la mayoría de los grupos bacterianos como , , , y . Doce muestras tenían y se encontraron principalmente en RD16 y RD3. Se encontraron especies bacterianas principales como , , y en todas las muestras. La mayoría de las muestras tenían , . y y eran parte de los microbios normales de la piel. sp., , y son bacterias halófilas encontradas en sedimentos. El mapa de calor agrupó las muestras y especies en clasificación vertical y horizontal, lo que representa la relación entre las muestras y la diversidad bacteriana. El mapa de calor para el perfil funcional tenía altas propiedades de aminoácidos, carbohidratos y metabolismo de cofactores y vitaminas de todas las especies bacterianas de todas las muestras. En conjunto, nuestros análisis son muy relevantes desde la perspectiva de la calidad del aire exterior, las enfermedades transmitidas por el aire y las epidemias, con implicaciones más amplias para la seguridad y el monitoreo de la salud.

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