Para explorar los cambios metabólicos e iónicos en vacas con deformidades en los cascos, se analizaron las muestras de suero de 10 vacas sanas (grupo C) y 10 vacas con deformidades en los cascos (grupo T) mediante LC-MS/MS e ICP-OES/MS. La enriquecimiento de vías de metabolitos diferenciales se analizó mediante la selección e identificación de metabolitos e iones diferenciales y utilizando un método de bioinformática. La integración de metabolómica e iónica se analizó con el software ggplot2 en el lenguaje R, y se verificó mediante metabolómica objetivo MRM. Los resultados mostraron que se seleccionaron 127 metabolitos mediante metabolómica, de los cuales 81 estaban regulados al alza (< 0.05) y 46 estaban regulados a la baja (< 0.05). Los resultados de ICP-OES/MS mostraron que 13 tipos de iones como K, Li y Pb en el suero de las vacas lecheras estaban regulados al alza, mientras que 18 tipos de iones como Al, Cu y Sb estaban regulados a la baja. El análisis integrado de metabolómica e iónica encontró que los iones de potasio estaban correlacionados positivamente con L-tirosina, L-prolina, tiamina y L-valina. Los iones de sodio estaban correlacionados positivamente con L-valina y negativamente con alfa-D-glucosa. Los resultados de la metabolómica objetivo de alto rendimiento mostraron que los contenidos de L-prolina, L-fenilalanina y L-triptófano en el suero de las vacas lecheras aumentaron significativamente, lo que fue consistente con los resultados de la metabolómica no objetivo. En resumen, se revelaron los cambios en el metabolismo y los iones en vacas lecheras con deformidades en los cascos mediante metabolómica e iónica.